南京醫科大學基礎醫學院(Nanjing Medical University School of Basic Medical Sciences)是南京醫科大學二級學院。南京醫科大學基礎醫學教育史可以追溯到1934年建校初期,1958年初,學校成立了基礎醫學部,1994年5月20日,基礎醫學部正式更名為基礎醫學院。截至2017年9月,學院下設16個系、2個教研室,設5個本科專業,有1個博士後科研流動站,1個一級學科博士點,9個二級學科博士點,3個一級學科碩士點,16個二級學科碩士點;有教職工403人。
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