1963年,始建于地区卫生防疫站,1997年地改市成立阜阳市卫生防疫站,2005年3月机构改革由市地方病防治站、市结核病防治所和市出血热研究所等四单位撤并重新组建阜阳市疾病预防控制中心,内设机构20个,核定事业编制110名。
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