M细胞存在于淋巴滤泡上皮之间，与肠上皮细胞紧密排列在一起，形成上皮屏障，并与其口袋中的各种淋巴细胞紧密接触，肠腔中的大部分病原体是由M细胞转运的，表明M细胞的主要功能是摄取并转运抗原（尤其是颗粒性抗原）至其下的免疫细胞。
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